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网状meta分析——你问我答

弗雷赛斯2018-03-17 11:50:39

List0001Winbugs软件使用小小总结

 

###FS的宗旨:科学自由分享、人人平等,共求真理###

我们仅仅是代码的编辑者、整合者、搬运工,仅免费传授方法,下文数据和代码取自于“广药阿宇”同学,如果您觉得我们侵犯了您的版权,请通知我们撤稿。请大家谅解,谢谢!

###FS的宗旨:科学自由分享、人人平等,共求真理###

 

问:如何使用Winbugs软件做二项式随机效应模型,操作步骤如何?

答:

0.感谢“广药阿宇”同学的提问和整理,FreeScience希望大家在学习的同时,提出相关的问题,同时整理好答案,共同服务更多的同学们!这样才能形成良性循环,我们有权利自由得到,有义务付出。不以“分享”为目的的恋爱,都是“耍流氓”。

 

 

1.建模

点击“file”,选择“new”选项(图1)。输入模型代码。

这段模型代码是:二分类数据,二项式binomial likelihood随机效应模型REMlogit link(连接函数),一致性模型(consistency model),可以完成多臂数据,这里展示的是两臂数据(猴哥注)。


                                                               

 1

2.检查模型

   点击“model”选项,选择“Specification”,高亮“model”,点击“check model”(图2),窗口底部出现“modelis syntactically correct”则模型检查完成(图3)。



2



                                                              

                                                                     3

3.数据载入

高亮“list”,点击“load data”,窗口底部出现“data loaded”时载入数据完成(图4)。注意的是,当数据以矩阵格式载入时,需高亮“t[,1]……na[]”行再次点击“load data”(图5)。这里的listns=22nt=5),表示有22个研究,5个治疗措施arm

需要载入2次数据,本数据是矩阵数据matrix data


                                   
4

4.编译           

    点击“compile”,窗口底部出现“model compiled”时,编译完成(图5)。


5

5.初始值载入

一种方法是:高亮“list”,点击“load inits”(图6);

另一种方法是:需要软件自动赋值点击“geninits”(自动产生初始值),窗口底部出现“model isinitialized”时完成(图7)。


6

      

                                                                   7            

6.抽样控制

选择“inference”“samples”选项,在node处输入参数“T[]”,此例beg设定为10000thin值为默认值1(可根据需要自行设置),然后点击“set”,再依次输入其他参数“or”“rk”(图8)等等你想要的结果。

#因相关原因,不显示相关结果。


8

7.运行程序

    选择“model”选项的“updata”updatas值此例设为40000,点击“updata”开始迭代(图9)。迭代完成后,在SampleMonitor Tool框中node中输入“*”,显示全部参数(图10)。单击“trace”,弹出“Dynamictrace”框,参数的Gibbs抽样值(图11)。



9


10



11动态轨迹图

 

 

                           图12时间序列图

 

 

                            图13核密度图

 


14百分位

 

 

8.查看后验量

根据需要选择“history”“density”“stats”等选项。

                                                        

 


# 谢谢“广药阿宇”同学的精彩演示,希望大家也分享出自己的经验,好好学习,天天向上。

# 你问我答,我们会推些小的问题和问答。如果你有什么问题,我们也会回答并展示出来,帮助更多的同学。

 

是不是想要代码?还有猴哥的亲自操作视频,嘻嘻,“让科学自由传播,人人平等,共求真理”,将本推文转发朋友圈和1个百人以上科研群,截图给后台,发你哦



META专栏主编

猴哥:Freescience公众号meta分析栏目现任主编。副主任医师,武汉大学肿瘤学博士,专注于胃肠道肿瘤分子生物学机制、系统评价/Meta分析、数据挖掘、临床统计研究。

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